A Syndrome ataca novamente! O jogador assume controle de uma forte e enigmática heroína Aileen Harding - Tropa de Comando Terrestre- lutando contra um exército de alienígenas ferozes e grandes chefes para salvar a SAT5 e seus indefesos habitantes humanos da dominação, em uma variedade de ambientes incluindo espaçonaves invadidas e planetas alienígenas bizarros.