A ação do game decorre alguns anos antes dos acontecimentos de Batman: Arkham Asylum de 2009 e conta a história de um herói mais "novo, cru e redefinido". Devido a uma recompensa criada pelo senhor do crime Black Mask, oito dos maiores assassinos do mundo são atraídos a Gotham City na véspera de Natal. O jogo é apresentado numa perspectiva de terceira pessoa com maior foco nas habilidades de Batman como o combate e infiltração, capacidades de detetive e uso de engenhocas que podem ser usadas tanto em confronto como em exploração. Arkham Origins é o primeiro jogo da série que tem um modo multiplayer.