Quando uma modificação no Omnitrix dá errado, o novo parceiro de Ben, Rook, é enviado de volta no tempo, encontrando Ben a partir de quando ele tinha 10 anos. Rook e Ben jovem entram em uma briga com o vilão Malware que absorve a Proto-Arma de Rook para conseguir novos poderes, levando a um terrível futuro alternativo.