O jogo se passa no ano de 1997 (o "futuro próximo", relacionado a época em que o jogo foi lançado). Dr. Proton, é um louco determinado a dominar o mundo com seu exército de Techbots. Duke Nukem, o herói, é contratado pela CIA para detê-lo. O principal objetivo do jogo é chegar à saída de cada fase, destruindo inimigos e recolhendo pontos. O jogo fez fama na época de seu lançamento devido ao seu nível de design inteligente.