Forbidden Siren conta a história de uma vila rural remota nas montanhas do Japão, chamada Hanuda, que é caracterizada por ser tradicionalista e particularmente xenofóbica. Como consequência de um ritual secreto, a vila fica dividida entre o tempo e o espaço, com um infinito mar de água vermelha no lugar das montanhas existentes. A história concentra-se nos esforços de Hisako Yao, a líder de uma estranha religião local, para ressuscitar um extraterrestre conhecido como Datatsushi pelos integrantes da cerimônia secreta.