Em um futuro pós apocalíptico, os humanos foram quase que completamente destruídos por uma guerra global. Os poucos humanos sobreviventes, sofreram opressão da armada cibernética chamada Oniken. Uma pequena resistência liderada pelo General Zhukov tentou defender o povo de Oniken, mas acabou sendo sobrecarregado pelas forças cibernéticas. Zaku, um lendário ninja mercenário com um passado desconhecido, que é considerado o único capaz de parar o Oniken, é abordado por Zhukov e convidado a entrar para a resistência contra as forças robóticas.