Os heróis agora enfrentam Dr. Nefarius, um vilão transformado em robô que planeja transformar todas as formas de vida orgânica da galáxia em robôs. Com a ajuda da recém-formada Q-Force, um grupo de super-heróis que traz alguns dos mais engraçados personagens da série, Ratchet e Clank deve salvar o dia mais uma vez.