O jogo se passa na fictícia terra de Sequin Land, um reino de aspecto árabe com gênios, piratas e criaturas místicas. A protagonista Shantae é uma garota com longos cabelos roxos que é uma "meio-gênio", e possui um cabelo fortemente destrutivo e eficaz em batalhas. A história começa quando sua arquiinimiga Risky Boots ataca a cidade e rouba uma misteriosa máquina ancestral de seu tio Mimic. Em meio a isso Shantae recebe a missão de se aventurar atrás das quatro pedras elementais impedindo de caírem nas mãos de Risky que quer usá-las em seu robô gigante para destruir o reino.