Shining Force III foi dividido em três CDs, sendo que o primeiro conta a história de um herói republicano chamado de Synbios; o segundo CD fala sobre o príncipe do império de Destonia chamado de Medion; o terceiro fala sobre Julian, um mercenário que procura vingar seu pai, que foi morto por um Vândalo. Shining Force III tem seu enredo todo em torno de disputas políticas, influenciado pelo aparecimento da seita maligna de um demônio chamado de Bulzome.