A história se passa no Little Planet, um pequeno mundo que surge em Never Lake durante um mês do ano. Nele, o passado, presente e futuro se unem formando as Time Stones, que são pedras que controlam o tempo. O inimigo de Sonic, Dr. Eggman descobre a existência delas e decide encontra-las antes de Sonic. Para impedir o ouriço, Eggman cria Metal Sonic, réplica metálica do Sonic, que captura Amy Rose. Cabe a Sonic salvá-la, destruir Metal Sonic e acabar com os planos de Eggman.