Uma organização terrorista, liderada pela russa Mara Aramov, conseguiu uma amostra do vírus Syphon Filter e ameaça o planeta com uma possível catástrofe biológica. Grupos criminosos e políticos de alto escalão também estão envolvidos com os terroristas. Para piorar a situação, Gabe sofre uma sabotagem durante uma investigação e se torna um dos suspeitos. Para isso, além de agir sem o apoio do governo, o protagonista, junto com sua auxiliar, Lian, terá que provar sua própria inocência.