O país de Gohda, onde o clã Azuma Ninja reside, está a beira de uma guerra com o país de Ogawara, seu vizinho. Como um novo recruta do clã Azuma, o protagonista é enviado e instruído por Rikimaru, para fazer missões típicas de um ninja, como se infiltrar na base do inimigo, resgatar prisioneiros, recuperar itens roubados, espionar, sabotar, e assassinar aqueles que estão ajudando Ogawara, incluindo oficiais do exército, e ninjas que se infiltraram em Gohda.