The Swapper coloca o jogador na pele de um astronauta que escapa de uma estação espacial de pesquisa e chega até um planeta misterioso. Munido de um dispositivo experimental que é capaz de clonar o portador e alternar o controle entre os clones, o astronauta precisará resolver enigmas e buscar respostas sobre os últimos acontecimentos com a estação e a tripulação.