Depois de salvar o mundo do terrível Warhead, A nave de reciclagem com a qual viaja Vectorman é atingida e imediatamente destruída por um míssil. Vectorman escapa, caindo de paraquedas num mundo contaminado por insetos mutantes. Agora é objetivo á Vectorman lutar através dos ataques dos insetos mutantes a fim de achar a mais terrível e venenosa mutante, a rainha Viúva Negra.