Dr. Light, junto com seus dois robôs Rock e Roll, desfrutavam de dias pacíficos. De repente, a grande indústria de robôs inicia uma grande confusão, causando atentados em várias cidades ao redor do mundo. Dr. Light presume que tudo isso seja obra do Dr. Willy. Rock, voluntariamente, oferece- se para ser transformado em um super robô de batalha. Assim, nasce Megaman. Mas antes de correr atrás de Dr.Willy, Megaman deve localizar oito robôs criados por um novo cientista que surge em cena, o misterioso Dr. Cossack.