Os eventos de Shaolin Monks são passados desde o fim do primeiro Mortal Kombat, e por toda a extensão de Mortal Kombat II, chegando até o seu fim. Em Shaolin Monks, você assume o papel de Liu Kang ou Kung Lao, dois monges Shaolin, em sua jornada para defender o Reino da Terra da tentativa de invasão de Shao Kahn e seu feiticeiro, Shang Tsung. Durante a jornada, o jogador encontra personagens famosas da série, como Baraka, Mileena , Johnny Cage, Kitana, Reptile,Jade, Raiden, Sub-Zero, Scorpion, Kintaro e Shao Kahn. E cenários igualmente conhecidos, como a Dead Pool e a Living Forest.