O jogador controla um ninja chamado Joe Musachi, que tem que parar uma organização criminosa chamada Zeed, que estão sequestrando crianças de sua clã ninja. Através de cinco missões, Musashi terá que vencer as ruas de Zeed e libertar todos os reféns nas primeiras missões, antes de confrontar o chefe de cada fase. No começo de cada fase, é mostrado ao jogador seu objetivo, seguido de um arquivo contendo uma fotografia do chefe e um mapa de localização.