Agora o sindicato criminoso do mal Neo Zeed enviou seu ninjas, soldados e espiões para dominar o mundo. Como uma advertência para o clã de Oboro, eles assassinaram o sensei do Musashi, e seqüestraram a bela Naoko. Shinobi jurou vingar a morte de seu mestre. Ele não parará até que o último dos subordinados do Neo Zeed seja destruído.