Enquanto Sonic celebra o seu 20 º aniversário com os amigos, um estranho buraco de tempo provocado por uma misteriosa criatura chamada Time Eater aparece, sugando todas as pessoas e espalhando-os ao longo do tempo. Enquanto Sonic procura os seus amigos, ele acaba encontrando a si mesmo alguns anos mais novo, Sonic Clássico. Ambos (Sonic Moderno e Sonic Clássico) decidem colaborar e competir através de sua história a fim de salvar seus amigos e corrigir o fluxo do tempo.