Após se perderem em uma tempestade, Sonic e Tails vão para em uma ilha chamada Southern Island. Perdidos, acabam encontrando uma nativa da ilha, Marine, que estava muito contente por seus sonhos de viajar ao mar estava perto de se realizar. Tails que é muito inteligente em mecânica reconstroi o barco da Marine na esperança que isso os ajudasse a encontrar um maneira de voltar para casa. Enquanto isso Sonic explorava a ilha em busca de Matérias Primas. Sonic cruza os mares com o barco onde descobre não apenas ilhas ocultas, mas um bando de piratas em busca de tesouros preciosos, liderado pelo um destemido capitão. Como se não bastasse, enquanto Sonic corria neste mundo caótico, Blaze aparece. O que a terá trazido de sua dimensão alternativa? Cabe a você desvendar este mistério!