Depois da infeliz transição para 3D na edição anterior, a Capcom retornou ao tradicional estilo plataforma nas fases. X, Axl e Zero são convocados a uma missão próxima à Torre Jakob para investigar um Reploid estilo-caranguejo. Eles o enfrentam e o derrotam, mas são interrompidos por uma salva de mísseis vinda de Vile, que foi aparentemente foi revivido desde sua derrota no Mega Man X3. Vile seqüestrou o líder do Projeto Jakob, Lumine, por razões desconhecidas e se tornou uma missão para os Maverick Hunters, resgatá-lo.