Nesta terceira parte da aventura, após Zero vencer o comandante Elpizo, é revelado que o Dark Elf, um programa de enorme poder que causou as Guerras de Elf, ainda estava vivo. E não somente isso, um cientista chamado Dr.Weil cria um Reploid chamado Omega e o manda em busca do poder do Dark Elf. Neste capítulo, Zero descobre muito sobre si mesmo e sobre o passado que até então, estava mal esclarecido no jogo.